Le récit se déroule dans le Japon de « l'ère Sengoku », en pleine période de guerres civiles. Un Ronin sans nom (« Nanashi ») sauve un jeune orphelin, Kotaro, et son chien Tobimaru, lors d'un incendie.

Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotaro dans le but de l'utiliser pour accomplir un rituel occulte procurant la vie éternelle. Parmi eux se trouve Raro, un bretteur émérite assoiffé de combats aux ordres de Byakuran. Kotaro engage alors le ronin Nanashi comme garde du corps en échange d'une pierre précieuse qu'un moine lui a donné, et ils décident de faire route ensemble. À partir de cet instant, leurs destins vont être inexorablement liés.