X-Men : Le Commencement nous entraîne aux origines de la saga. Avant que les mutants n’aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n’étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs. Avant de devenir ces deux ennemis mythiques, ils étaient encore amis, et travaillaient avec d’autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l’Armageddon…