Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded / The Matrix revolutions. Il comprend : The Second renaissance ? Première et deuxième parties...
1954, Nouveau-Mexique. Le shérif Peterson et son adjoint Ed Blackburn sont témoins de morts étranges et inexpliquées dans le désert. Ils ne tardent pas à découvrir qu'une colonie de fourmis géantes, issues d'une mutation génétique consécutive à des essais nucléaires de l'armée américaine neuf ans plus tôt, en 1945, menace d'envahir le pays…...
Après s'être fait violée, Maya, étudiante à l'université, tombe dans une spirale infernale....
Un OVNI a été observé à Molino. Le professeur Solmi, avec l’aide de sa fille et de son assistant, va découvrir un vaisseau spatial au fond d’un gouffre. Suite à une mauvaise manœuvre, des extra-terrestres ont, en effet, dû se poser sur la Terre. Ceux-ci enlèvent le groupe d’humains pour les emmener sur leur planète. Mais le voyage intergalactique va prendre une tournure...
Des événements étranges se déroulent dans un laboratoire expérimental situé sous la surface de la mer. Un objet mystérieux est repéré non loin de là, et une équipe de chercheurs arrivent à la conclusion qu'il s'agit d'une sonde d'origine extra-terrestre. C'est après l'avoir rapatrié à bord de la station et commencé à l'étudier que les problèmes vont surgir......
Quatre astronautes américains décollent à bord d'une fusée en direction de la Lune. Leur alunissage s'avère difficile et ils consomment plus de carburant que prévu. Une course contre la montre s'engage pour alléger au maximum le vaisseau. Reviendront-ils tous sains et saufs sur Terre ?...
Après avoir été témoin de la mort d'un homme dans un accident bizarre, le père Pergado part en retraite spirituelle. Là, il rencontre son double extraterrestre penché sur la conquête du monde....